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ＨＩＶに対する最も単純な薬剤養生でも一日に一０錠を取る必要があり、フルの三剤併用では三０錠になるかもしれない。 これに加えて、多くの人たちは日和見感染（宿主の抵抗力が弱まったときにだけ起こる病気）を予防するための薬剤を取らなければならず、そのため一日四０錠に及ぶ薬剤を全部異なる時間と回数で取らなければならないことも珍しくない。
ＨＡＡＲＴの不快な副作用には、吐き気、咽吐、下痢などが含まれるが、いっそう質の悪いのはプロテアーゼ阻害薬の長期使用が体に及ぼす効果であろう。 患者は体脂肪の再配分による体形の変化を起こすことが報告されている。
体の末端部分（顔、四肢、誉部）が痩せて中心部分が肥満するので、典型的に腹部と胸部の肥大が起こり、「バッファロー癌」になる。 この癌は首のうしろにできる脂肪のパッドで、最初は襟元が窮屈になってうるさいが、最後は醜悪なものになることもある。
けれどもさらに大きな懸念は、血中のコレステロ‐ルとトリグリセリドー高血圧心臓病糖尿病などの素因となる脂肪が高くなることであろう。 ＨＡＡＲＴは理想的でないことは明らかで、このＨＩＶという最高に頑固な攻撃者に備えて、さらに多くの抗ウイルス薬を緊急に武器庫に加える必要がある。
しかしこれらの懸念にもかかわらず、ＨＡＡＲＴは大きな進歩であり、現在入手しうるＨＩＶ感染に対する最良の治療法であることは確かである。 それは高価な患者一人につき年に約六０００～七０００ポンドであるが、これでも人々を健康に維持するならば費用効果がある、とエイズ治療の医師たちは主張している。

エイズ患者に必要な病院のベッド数を減らすことができるうえに、他の日和見感染症に必要な薬物療法がより安価なものになるからである。 たとえば、ＣＭＶ網膜炎の治療では患者一人につき年に約二０、０００ポンドはかかるし、ロンドンのある大きな性感染症病院における新規症例の数は、年に四０件あったものがＨＡＡＲＴ採用後に四件にまで低下したのである。
しかしこの種の論理は欧米諸国に当てはまるだけである。 ＨＡＡＲＴの高い費用は発展途上国における抗ウイルス薬の広範な使用を妨げており、これが激しい倫理上の議論をもたらしている。
一九九四年にアメリカとフランスでなされた試行の結果は、ＨＩＶに感染した妊婦たちと彼らの新生乳児を対象とした抗ウイルス薬ジドブジン（ＡＺＴ）による集中治療が、乳児のＨＩＶ感染率を三分の一にまで引き下げたことを示した。

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